In het begin van de 19e eeuw ontstonden er in de Nederlandse volkskerk, de Gereformeerde Kerk, stromingen die kritisch stonden tegenover de Bijbel. Ook de regering probeerde greep op de kerk te krijgen. Zo werd er een reglement opgelegd aan de kerk, die de afspraken die de kerken in 1618 hadden gemaakt, moest vervangen. Onder meer moest de naam ‘Gereformeerd' vervangen worden door ‘Hervormd'. Deze ontwikkelingen riepen veel protest op. Dit leidde ertoe dat een aantal kerken zich in 1834 afscheidde van de Nederlandse Hervormde Kerk. Deze beweging – de Afscheiding – begon in het Groningse Ulrum, onder leiding van predikant Hendrik de Cock. Zij bestond uit allerlei groepjes kerken. Twee daarvan waren de Christelijke Afgescheiden Gemeenten en de Gereformeerde Kerk onder het kruis. Deze twee groepen verenigden zich in 1869 en noemden zich voortaan Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland.

Doleantie
In 1886 trad opnieuw een groep mensen uit de Nederlandse Hervormde Kerk. Staatsman-predikant Abraham Kuyper wilde de kerk van binnenuit herstellen. Hij ontmoette echter weinig begrip binnen die kerk, zodat zijn actie uitliep op een tweede afscheiding: de Doleantie. In 1892 verenigden de Afgescheidenen en Dolerenden zich. Zo ontstonden de Gereformeerde Kerken in Nederland. Een klein deel van de Christelijke Gereformeerde Kerk wilde niet mee met de beweging van Kuyper en bleef zelfstandig. Zij zagen hun bezwaren niet beantwoord en zetten daarom de Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland voort.

In 1947 veranderde de Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland zijn naam in Christelijke Gereformeerde Kerken, om daarmee uit te drukken dat het gaat om een verband van allerlei plaatselijke kerken en niet om één grote kerk. Er zijn ongeveer 180 plaatselijke kerken aangesloten bij de Christelijke Gereformeerde Kerken. Het ledental ligt rond de 75.000.